Western Blot : une histoire comique de scientifiques
Le Western Blot, c’est toute une histoire! Mais ce n’est pas une histoire qui se passe dans l’ouest, ni dans le désert avec des cowboys et des indiens 😉. Et oui, malgré son nom cela n’a rien à voir avec les points cardinaux ni avec un film de Western. Western Blot doit son petit nom à une blague entre scientifiques.
Pour comprendre, quelques explications préliminaires : l’ADN, qui contient le code génétique, donne des ARNs qui à son tour se transforment en protéines. La blague est basée sur un jeu de mots faisant référence aux techniques précurseurs du « Southern Blot » (Buvard du Sud), qui permet de détecter des ADN, et à celle du « Northern blot » (Buvard du Nord) qui permet de détecter l’ARN. La technique qui sert à détecter les protéines, s’est donc appelée pour la blague Western Blot (Buvard de l’ouest). Et oui, les scientifiques sont pleins d’humour…
A quoi sert un Western Blot ?
Maintenant cette petite blague expliquée, rentrons dans le vif du sujet! Le Western Blot permet de détecter les protéines. Pour faire simple, les protéines sont des molécules complexes et le produit final des gènes. Elles ont des fonctions vitales dans le règne animal et végétal (structuration de la cellule, transport des molécules, régulation de l’activité cellulaire…). Étudier les protéines, permet de comprendre comment fonctionne la cellule. Ou bien, cette étude permet d’évaluer l’effet d’une molécule sur les protéines qui régissent le fonctionnement de la cellule.
Les étapes clés du Western blot
1- Extraction
Il faut extraire les protéines qui sont contenues dans des cellules. Elles sont donc incubées dans une solution (tampon de lyse) qui contient :
- Des détergents (SDS, Sodium Dodecyl Sulfate) : dénaturation, solubilisation et ajout de charges négatives sur les protéines.
- Des agents réducteurs (DTT, DithioThréiTol) : Cassage des ponts disulfures (petits ponts qui relient des parties de protéines)
Ajouter à cela une augmentation de la température pour rompre les liaisons hydrogènes des protéines, et vous obtenez vos protéines dénaturées.
2-Séparation
Les protéines dénaturées vont être séparées en fonction de leur masse moléculaire (expression scientifique pour dire « poids ») par une électrophorèse sur gel de polyacrylamide. Sous l’effet d’un champ électrique, les protéines chargées négativement (merci les détergents) migrent à travers le gel vers le pôle positif. Il faut voir ce gel comme un gros tamis (comme un chercheur d’or ! ou plutôt de protéines 😉 ) : plus une protéine est petite, plus elle migrera rapidement à travers les mailles du gel.
3- Transfert
Le terme de « Blot » signifie buvard en anglais et réfère plus particulièrement à l’étape de transfert des protéines du gel sur une membrane. La membrane étant plus facile et moins fragile à manipuler par rapport au gel. Il faut voir la phase de transfert comme un croque-monsieur 😉 une tranche de pain (papier humide), puis une tranche de jambon (la membrane) surmonté d’une tranche de fromage (le gel) et une deuxième tranche de pain (papier humide) pour finir.
Un courant électrique est appliqué, pas pour cuire votre « croque-monsieur », mais pour transférer les protéines du gel vers la membrane. Le tout en gardant l’organisation qu’elles avaient entre elles dans le gel.
4-Détection
Les protéines cibles, c’est-à-dire les protéines que l’on souhaite repérer (« WANTED PROTEIN »), sont marquées sur la membrane grâce à des anticorps qui les reconnaissent spécifiquement, et qui sont couplés à des marqueurs fluorescents. Des bandes spécifiques, qui correspondent aux emplacements des protéines d’intérêt, sont ainsi révélées.
Les protéines d’intérêt prises au lasso chez Elysia Bioscience
Tout comme John Wayne, notre expertise en Western n’est plus à prouver 😊.
Chez Elysia Bioscience, les protéines sont normalisées sur l’ensemble des protéines présentes et non sur une seule protéine. Une seule protéine, comme l’actine, n’est pas représentative de l’ensemble de la quantité des protéines d’une cellule. Cependant, la normalisation à l’actine est régulièrement publiée, mais c’est un abus scientifique. Les scientifiques partent du principe que l’actine ne varie pas en quantité, ce qui est faux en réalité 😊. C’est pourquoi nous proposons une normalisation à l’ensemble des protéines présentes dans une cellule pour une mesure fiable et représentative de la réalité cellulaire ! Un Western Blot permet de mesurer l’impact de votre produit sur une voie cellulaire particulière et d’apporter des réponses détaillées sur le mécanisme d’action.
